К концу первой фазы боя, когда японский авизо «Чихая» бросился в минную атаку, капитан 1-го ранга Юнг был ранен уже в третий раз, и, когда его несли на перевязку, новый осколок пробил ему внутренности и ранил его, на этот раз смертельно. Картина минной атаки запечатлелась у него в мозгу, и доблестный командир слабым голосом в бреду продолжал отдавать приказания, связанные с отражением минной атаки. Вслед за командиром был тяжело ранен старший штурманский офицер лейтенант Владимир Александрович Саткевич.

В рубке остались старший офицер, капитан 2-го ранга Шведе, вступивший в командование броненосцем, несколько раз раненный Шамшев, оба рулевых и один-единственный нераненый ординарец. Вокруг рубки вспыхнули пожары. Горели койки, резиновые шланги, шлюпки. В тушении пожаров принимали участие все, находившиеся в рубке, за исключением рулевых. Общими усилиями пожары были потушены.

Во время второй фазы боя был снова ранен Шамшев, но он доблестно оставался в рубке, пока не был сменён. Найти смену было не так легко. На броненосце вообще недоставало офицеров, и некоторыми башнями командовали кондуктора и унтер-офицеры. Убыль среди офицеров во время боя была большая. Из 19 старших строевых офицеров к концу боя остались неранеными только трое. Из младших артиллерийских офицеров лейтенант Александр Владимирович Гирс был занят тушением пожара у себя в правой носовой башне, где раскалённым осколком были подожжены и взорвались запасные патроны. Сам в ожогах, он хладнокровно эвакуировал обожжённую прислугу башни, собственноручно произвёл выстрелы из заряженных орудий и стал подыматься по штормтрапу в боевую рубку. Другого средства подняться в рубку уже не существовало. В это время новый разрыв снаряда поджёг находившийся под штормтрапом пластырь. Мгновенно на лейтенанте Гирсе вспыхнула одежда. Но он спокойно продолжал подыматься и появился на пороге рубки с совершенно оголённым черепом и с сожжёнными усами, бачками, ресницами, бровями. Кожа полопалась, обнажая красное мясо. Губы вздуты. Одежда дымится и тлеет. Все в ужасе уставились на пришельца. А страшный призрак чётко остановился, вытянул обгоревшие руки по швам и, как будто с ним ничего не случилось, отрапортовал:

— Есть! — и, увидев всеобщую растерянность, добавил: — Лейтенант Гирс!

Так продолжалось несколько секунд. Лейтенант Гирс зашатался. К нему бросились присутствующие, начали тушить одежду, но было поздно. Лейтенант Гирс скончался от своих страшных ожогов вскоре в плену.

Наконец, командир левой кормовой башни лейтенант Георгий Митрофанович Рюмин сменил раненного в живот Шамшева, а мичман Сакеллари заменил раненых штурманских офицеров.

На корме пожары энергично тушились пожарным дивизионом под начальством мичмана Дмитрия Ростиславовича Карпова. Было много попаданий в бортовую броню ниже ватерлинии, но броня выдержала. После каждого такого попадания высокие столбы воды обрушивались на броненосец. Против кормовой башни удар одного или нескольких снарядов был настолько силён, что броненосец рыскнул и накренился, но броня пробита не была.

Командир кормовой башни мичман Олег Александрович Щербачёв был разрывом снаряда сбит со своей площадки управления башней, распластался на палубе и производил впечатление убитого наповал. Но вскоре очнулся, чтобы с горечью констатировать тяжёлое ранение головы и потерю глаза.

В перерыве между третьей и четвёртой фазами боя «Орёл» подлечил свои раны, очистил проходы на верхней палубе, перегруппировал прислугу орудий и снова приготовился начать бой, который и вспыхнул на исходе этого судного дня.

В самом начале этой фазы боя в броневой пояс «Орла» попало одновременно несколько тяжёлых снарядов, которые буквально сбили броненосец с курса и вызвали крен в 6 градусов на правый борт. Увидев бедственное положение «Орла», следовавший за ним броненосец «Наварин» вышел из строя вправо и прикрыл своим корпусом «Орёл», пока тот не выправил свой крен. Так командир «Наварина» капитан 1-го ранга Фитингоф вернул другому русскому броненосцу услугу, оказанную ему командиром броненосца береговой обороны «Адмирал Ушаков». Но этот благородный поступок не прошёл «Наварину» даром. Он сам получил несколько тяжёлых попаданий в корму и был принуждён занять место в хвосте колонны русских броненосцев.

В 6 часов 30 минут «Бородино» запылал, а в 7 часов 12 минут его не стало. «Орёл» обошёл днище своего боевого товарища с левой стороны и возглавил строй эскадры, направляясь к северному выходу из Корейского пролива.

В это время в «Орёл» попало не менее пятнадцати двенадцатидюймовых и несколько десятков шестидюймовых снарядов, но корабль выдержал и этот огненный град.

В кормовом каземате огнём из трёхдюймовых орудий управлял прапорщик Георгий Ахиллесович Андреев-Калмыков. Он только что скомандовал: «Прицел… тридцать», как влетел снаряд, разорвался, убив несколько человек, а Калмыков и ещё один матрос растворились в воздухе, выброшенные волной взрыва за борт.

С правого борта вывело из строя среднюю башню, а кормовую окончательно заклинило. На баке разворотило клюз, перебило оба якорных каната, и оба якоря вытравило за борт. На корабле одновременно возникло несколько новых пожаров. Попадания в броневой пояс вызывали сильные сотрясения корабля, от которых броненосец бросало в сторону то с кормы, то с носа. При каждом таком сотрясении мгновенно тухло электричество, а потом оно медленно разжигалось.

Но машины броненосца, благодаря блестящему состоянию, которое было достигнуто заботами судовых механиков подполковника Ивана Ивановича Парфёнова, штабс-капитана Константина Автономовича Скляревского, поручика Николая Васильевича Русанова, прапорщиков Василия Ивановича Антипина и Георгия Яковлевича Леончукова, работали всё время боя без отказа.

Котлы и машины находились за броневым поясом, который выдержал все удары. Там не было ни раненых, ни убитых, но в случае гибели броненосца спасения оттуда не было. Запертые в броневой гроб, были заживо похоронены на дне морском кочегары и машинисты броненосцев «Суворов», «Александр III» и «Бородино». Можно представить моральное состояние машинной команды «Орла», когда от ударов японских тяжёлых снарядов о броневой пояс тухло электричество и броненосец начинал крениться. Не один из них в эти минуты прощался с жизнью и думал о своей страшной судьбе, когда внутри перевернувшегося броненосца его тело будет разрываться на части шатунами машин или будет ошпарено паром из лопнувших труб котлов. Но ни один из них не пал духом и не покинул своего опасного поста.