На всю Западно-Сибирскую дорогу длиной от Челябинска до Омска было ассигновано вместе с подвижным составом и рельсами 47,4 млн руб., или по 35,8 тыс. руб. в пересчете на 1 версту. Дорога проходила по безлюдным местам — приходилось строить много жилья для служащих дороги. Не хватало воды, на топливо для паровозов употреблялись дрова.

По мере продвижения дороги вглубь Сибири трудности нарастали. Среднесибирская магистраль (от реки Обь до Иркутска) длиной 1729 верст была разделена на два участка. Первый участок от Оби до Красноярска имел 711 верст главного пути; второй участок от Красноярска до Иркутска — 1011 верст главного пути и 5 верст ветвей. Помимо того, предполагалось построить ветку от станции Таежная до Омска длиной 89 верст. Разрешение Александра III на производство работ было получено 27 февраля 1893 года. В декабре 1895 года на участке от Оби до станции Болотная протяженностью 119 верст открылось временное движение. Согласно расценочной ведомости, на Обь-Красноярский участок было ассигновано 25 млн руб. без подвижного состава, Красноярск-Иркутского участка — 46,8 млн руб. и от Таежной до Томска 1,8 млн руб. Здесь строителям приходилось преодолевать огромные реки, болота, непроходимую тайгу. Перерасход по смете Обь-Красноярского участка определился в 3,5 млн руб. Окончание работ на участке Красноярск — Иркутск ожидалось не ранее 1898 года.

Что касается дальнейшего пути, то поначалу его собирались вести по южному берегу озера Байкал. Однако впоследствии направление изменили в пользу ветки от Иркутска по левому берегу Ангары до Байкала. Через озеро поезда должны были переправляться на паромах. Окончание сооружения паромной переправы намечалось в 1898 году. Паром-ледокол был заблаговременно приобретен и в разобранном виде привезен в Красноярск; далее его намеревались доставить в Иркутск на лошадях и пароходом по Ангаре к месту назначения.

К постройке паромной переправы готовились как следует: наблюдения за погодными явлениями велись на станции Мысовская, у истока Ангары и на самом озере Байкал. Зимой на льду посередине озера была устроена временная метеорологическая станция. Наблюдения показали, что паромная переправа могла действовать примерно 10 месяцев в году; остальное время поезда самостоятельно могли передвигаться по льду, толщина которого достигала 95 см.

На строительстве Сибирской дороги работали иностранные подданные (более 15 тыс. китайцев и корейцев), заключенные острова Сахалин и Александровской каторги. За примерную работу им обещали скостить срок на треть. С. Ю. Витте спешил как можно быстрее пустить дорогу в эксплуатацию, рассчитывая впоследствии обустроить ее как следует. Сибирская магистраль сооружалась в один путь, земляная насыпь была уже, а толщина балластного слоя меньше, чем в Европейской России. Многие мосты возводились из дерева, на путь укладывались облегченные рельсы — 18-фунтовые вместо распространенных 24-фунтовых 193.

Летом — осенью 1896 года министр путей сообщения князь М. И. Хил ков по повелению императора на месте ознакомился с ходом строительных работ. 25 октября того же года им был представлен всеподданнейший доклад о результатах поездки.

Впечатление от хода строительства в целом было благоприятное. Министр не скрыл от монарха своего беспокойства относительно перспектив строительства магистрали в направлении далее Иркутска. На кругобайкальском участке проводились еще лишь изыскательские работы. Их окончание можно было ожидать только к концу 1897 года. «…Что же касается до постройки Кругобайкальской линии, — если таковая признана будет необходимой, — в настоящее время трудно определить срок окончания сооружения ее, ввиду весьма сложных работ, которые придется при этом исполнить», — честно признался министр 194.

Крайне медленно продвигалась стройка Уссурийской дороги из-за отсутствия точных карт местности, ошибок проектирования и сложных природно-климатических условий. На некоторых участках дождевыми паводками разрушалось дорожное полотно. Строительные рабочие мучились от цинги и болотной лихорадки; вольнонаемные уходили, не отработав задатков, а на ссыльнокаторжных надежда была плохая. Квартирный вопрос в Уссурийском крае стоял острее, чем где бы то ни было. По решению Комитета Сибирской дороги от 5 июля 1895 года рабочие получали в аренду участки земли вдоль рельсового полотна для возведения жилищ и устройства огородов. Деньги на постройку домов для жилья можно было получить в кредит на условиях его частичного погашения 195.

Продвижение дороги вглубь Сибири осложнялось еще и тем, что принадлежности для укладки пути и строительные материалы требовалось подвозить из центра страны и с Урала. К вспомогательным мероприятиям, о которых говорилось выше, помимо заселения, относилось еще развитие пароходного сообщения по рекам Сибири и расширение горнозаводской деятельности на всем протяжении магистрали.

В Иркутской губернии, неподалеку от селения Братский острог на реке Ангаре, уже имелось довольно крупное металлургическое предприятие — Николаевский железоделательный завод. На него возлагались очень большие надежды. М. И. Хилков нашел завод в запущенном состоянии: одна из трех доменных печей была полностью разрушена, другая требовала крупного ремонта и лишь третья могла быть пущена в работу после небольших исправлений. Сталеплавильная печь нуждалась в капитальной переделке, рельсопрокатного стана в наличии вообще не оказалось, а здание завода было до того ветхим, что могло вот-вот рухнуть.

В 1896 году предприятие приобрела группа коммерсантов во главе с Саввой Ивановичем Мамонтовым. Она учредила акционерную компанию под названием «Общество Восточносибирского железоделательного, рельсопрокатного и механических заводов». Новые хозяева энергично принялись за реконструкцию комбината: спроектировали новую доменную печь, увеличили помещение мартеновского цеха для установки второй мартеновской печи, отремонтировали здание, где предполагалось производить железнодорожные скрепления. Для рельсопрокатного производства за границей был заказан рельсопрокатный стан. Уже в начале марта 1897 года завод собирался приступить к прокатке рельсов.

Основное затруднение, которое новая администрация комбината не могла преодолеть своими силами, — это полное отсутствие рабочих рук. Главные надежды возлагались опять-таки на каторжников, но вместо ожидавшихся 600 человек в распоряжение заводского управления прибыли только две партии по 100 заключенных в каждой 196. Успех всего дела зависел главным образом от того, будет ли завод снабжаться подневольной рабочей силой или же нет.

Забайкальская железная дорога в 1896 году еще только начала строиться. На линии работало 14 300 человек и 1078 подвод казенного обоза. Параллельно создавалась и промышленная инфраструктура. В Забайкалье частными заводчиками, в расчете на обильные заказы Комитета Сибирской железной дороги, спешно возводились два цементных предприятия. Один был построен близ города Верхнеудинска с производительностью 20 тыс. бочек цемента в год и один неподалеку от города Нерчинска с годовым выпуском в 40 тыс. бочек. Казна заключила с заводчиками контракт на поставку 300 тыс. бочек в течение пяти лет. Нерчинский завод уже начал давать продукцию, Верхнеудинский был выстроен и собирался начать производство в конце 1896 года.