В Министерстве внутренних дел чиновник Сперанский с самого начала стал ведать бумагами министра. 7 января 1803 года был издан нормативный акт, на основании которого в министерстве создавался Департамент, призванный выполнять роль канцелярии при министре. Сперанский занял пост директора Департамента. В подчинении у него оказалось сорок пять чиновников. В соответствии с указанным актом функции Департамента распределялись по четырем экспедициям: Первая ведала народным продовольствием и соляной частью, Вторая была экспедицией спокойствия и благочиния, Третья — государственного хозяйства и мануфактур, Четвертая ведала делами Медицинской коллегии и приказами общественного призрения.

18 июля 1803 года император Александр утвердил всеподданнейший доклад В. П. Кочубея, в котором содержалось предложение о придании Департаменту Министерства внутренних дел помимо функции канцелярии также всех функций коллегий, находившихся под началом министра внутренних дел. В результате Первая и Третья экспедиции Департамента соединялись в одну — под названием «Экспедиция государственного хозяйства», которая заменяла собой Мануфактур-коллегию, Главную соляную контору и другие коллегиальные учреждения, ведавшие теми или иными отраслями государственного хозяйства. Вторая экспедиция получила наименование «Экспедиции государственного благоустройства». Четвертая экспедиция становилась третьей — под названием «Экспедиции государственной медицинской управы». Вторая и Третья экспедиции, в отличие от Первой, не брали пока на себя функций соответствующих коллегий и продолжали оставаться чисто канцелярскими подразделениями.

31 декабря 1803 года его величеством был одобрен всеподданнейший доклад министра внутренних дел, в котором излагался порядок преобразования Третьей и отчасти Второй экспедиций Департамента. В соответствии с ним Третья экспедиция брала на себя все дела Медицинской коллегии, ко Второй же отходили дела Приказа общественного призрения.

20 апреля 1806 года государь утвердил новое положение и штат Второй экспедиции, по которому она окончательно реорганизовывалась в такой же канцелярско-управленческий орган, каким являлась Первая. Сперанский, занимавший до этого должность директора Департамента, стал управляющим преобразованной Второй экспедиции, называвшейся «Экспедицией государственного благоустройства».

В течение всего времени работы Сперанского в Министерстве внутренних дел главной его задачей была подготовка проектов административных реформ и различных управленческих реорганизаций. Нередко заказчиком подобных проектов выступал сам император. Он поручал министру внутренних дел разработать тот или иной проект, а Кочубей в свою очередь переадресовывал это поручение своему подчиненному — Михаиле Сперанскому.

В 1803 году Александр I поручил Сперанскому через посредство В. П. Кочубея составить обширную записку об устройстве судебных и правительственных учреждений в России. Годом ранее (видимо, по собственной инициативе) Сперанский представил государю свои размышления о государственном устройстве Российской империи. Так завязывались личные отношения императора со способным чиновником, которые впоследствии перерастут в нечто, похожее на политический союз.

Кроме проектов различных нормативных актов, Михайло Михайлович составлял в рассматриваемое время также ежегодные всеподданнейшие отчеты министра внутренних дел императору Александру. С 1804 года они регулярно публиковались в «Санкт-Петербургском журнале» — официальном периодическом издании Министерства внутренних дел. Вместе с отчетами в данном журнале помещались различные официальные документы и статьи, которые также писал главным образом Сперанский. Его легкий, изящный стиль, простая, доступная всем форма изложения канцелярских документов находились в резком контрасте с распространенным тогда тяжелым, путаным, непонятным слогом официальных документов, доступным пониманию только их составителей.

Иван Иванович Дмитриев вспоминал два десятилетия спустя: «При учреждении министерств Сперанский перешел в Министерство внутренних дел и находился при министре оного, графе Кочубее. Он был у него самым способным и деятельным работником. Все проекты новых постановлений и ежегодные отчеты по министерству были им писаны. Последние имели не только достоинство новизны, но и, со стороны методического расположения, весьма редкого и поныне в наших приказных бумагах, исторического изложения по каждой части управления, по искусству в слоге могут послужить руководством и образцами». Другие чиновники — из тех, кто был поспособнее, — стали постепенно воспринимать стиль Сперанского. Так началось преобразование старого русского делового языка в новый, более совершенный.

В результате произошедшей жизненной перемены душевное состояние Сперанского решительно изменилось. Из разочарованного, болезненно скучавшего своими служебными занятиями, усталого человека он обратился в личность необыкновенно энергичную, увлеченную — все в нем ожило и засветилось, Ф. П. Лубяновскому довелось в это время служить рядом со Сперанским. Впоследствии он писал в своих мемуарах: «В исходе 1802 года я нашел его в Министерстве внутренних дел уже в числе знаменитостей молодого поколения по уму и витийству; таланты тогда были еще не так нередки, как нынче, по переизбытку излияния духа.

По этой славе, не быв подчинен, я сам искал подчиниться ему: надобно было изучать человека. В продолжение семи лет редкий день проходил без того, чтоб мы не виделись и не говорили о всем — о земном и неземном. Это время назову я весною Сперанского».

Министр Кочубей обладал умом, познаниями и организаторскими способностями незаурядного государственного деятеля. Ему удалось создать в Министерстве внутренних дел атмосферу весьма благоприятную для образованных и талантливых чиновников. Князь И. М. Долгоруков, назначенный в 1802 году губернатором Владимирской губернии, был в 1805 году несколько раз на приеме у Кочубея и разговаривал с ним о делах службы. Общался Иван Михайлович также со Сперанским. В своих записках он оставил следующие суждения о министре и начальнике его канцелярии: «Граф Кочубей заслуживает как государственный человек наилучшие похвалы. Холодная его учтивость с подчиненными, удаляя, что мы просто называем панибратство между им и теми, не имела, однако, той суровости, которая свойственна одному надменному вельможе. Он не обнимался с подчиненными и не шутил с ними, как, например, князь Лопухин, но почитал звание каждого, отдавал всякому должное, вникал в представления словесные, уважал письменные, выслушивал терпеливо возражения. Ему можно было без страха противуречить, с ним беседа была не пуста и не бесполезна. Он разбирал дело. После всякого с ним разговора я выходил от него совершенно доволен и разрешен во всем. Одобрение его уже была награда. Он не любил за все про все выпрашивать подчиненным чины и ленты, но обращение его с ними, вес, который он давал прямым талантам, вознаграждало щедрость в отличиях. Не всякий ими одними пленяется, есть люди, для которых доброе слово дороже алмазной звезды. Для сих последних Кочубей был, конечно, настоящий министр, хороший начальник. Я осмелюсь сказать решительно, что граф Кочубей делал честь своему сану паче многих. Канцелярия его наполнена была лучшими людьми в приказном разряде. Начальники столов и департаментов отличались дарованиями природы и навычным познанием своей обязанности. Сперанский, превосходный человек в гражданской работе, имел сотрудников замечательных в особах Серебрякова, Лубяновского и Магницкого. Отношения ко всем к ним были легки, свободны и приятны. Сам Сперанский был благоприступен, велеречив, тщателен и не отгонял от себя ни грубостью, ни видом спесивым. Умный может быть горд в духе, но кичливость — атрибут одного глупца» [16].